Indexation des vaches allaitantes : ce qui change en 2025 avec le Single Step

Courant 2025, le système d’indexation des races allaitantes passera au Single Step. Une manière de prendre en compte l’évaluation polygénique et génomique des animaux en une seule et même étape.

Vous n’avez rien compris au Single Step ? Ça tombe bien, on vous explique ! Pour percevoir l’intérêt de cette nouvelle méthode d’évaluation génétique, il faut faire un petit saut dans le temps. En 1993 naissait le système d’indexation Iboval. Cette évaluation permet d’obtenir des index polygéniques, basés sur le pedigree et les phénotypes. En bref, pour évaluer un taureau, on regarde les performances de ses parents, mais surtout celles de ses descendants. Une manière d’analyser les caractères qu’il transmet. Ce fonctionnement a un défaut : il prend du temps. Tant qu’un animal n’a pas un nombre conséquent de filles adultes, difficile de connaître sa valeur génétique…

En 2016, l’arrivée de la génomique dans le monde de la viande est venue chambouler tout cela. Avec un simple échantillon de sang ou de cartilage, l’analyse génomique permet d’indexer les animaux en un claquement de doigts. La technologie lit l’ADN, et interprète certains fragments pour déterminer quel sera le potentiel de l’animal sur différents caractères.

Exploiter pleinement le potentiel de la génomique

Depuis huit ans, les deux systèmes d’évaluation cohabitent. Et pour cause, les animaux génotypés ne sont pas légion au sein des races à viande. Le Single Step a donc pour objectif de fournir un index unique, intégrant à la fois le pedigree, les observations phénotypiques et les données génomiques.

Mieux, le Single Step permettra de gagner en précision. « Aujourd’hui, le génotypage profite surtout à l’animal et à ses descendants directs. Avec le Single Step, les données seront mises en commun. Le génotypage d’un animal permettra d’avoir de l’information supplémentaire sur tous ceux qui lui sont apparentés », décrypte Iola Croué, coordinatrice recherche et développement pour GenEval. Parents, grands-parents, oncles, tantes, neveux… Les données issues de l’observation des phénotypes seront enrichies par les données génomiques disponibles. À l’inverse, les individus typés bénéficieront des informations sur le phénotype de leurs apparentés. « On va aller grappiller toutes les informations disponibles pour avoir des évaluations plus fiables », résume Iola Croué.

Une indexation plus fiable

Le système vise également à mieux référencer les animaux pour lesquels on dispose de peu d’informations. « Aujourd’hui, lorsqu’un animal a des parents inconnus, leur valeur génétique est considérée comme identique à celle de tous les autres parents inconnus, quel que soit l’animal ». Difficile de donner une valeur à un bovin dont on ne connaît rien. « Avec les améliorations proposées, on vient corriger ce biais, au sens où un animal de parents inconnus des années 70 ne vaut pas la même chose qu’un animal de parents inconnus d’aujourd’hui. On intègre le fait que le niveau global de la race a progressé dans son évaluation ». Ce changement permettra notamment aux exploitations qui souhaitent se lancer dans le contrôle de performance d’être moins handicapées au démarrage.

Le Single Step est aussi pensé pour améliorer la qualité de l’évaluation des animaux dont on ne connaît pas encore les performances. « Nous avons mis en place un facteur d’érosion », explique Iola Croué. « On ne met pas sur le même plan proche ou très loin de la population de référence ». Deux veaux de même typage n’auront donc plus forcément la même indexation, car plus on s’éloigne de la population de référence, plus il y a un risque que les liens entre gènes et caractères se perdent.

Le Single Step permettra également d’éviter le biais de pré-sélection. « Lorsqu’on fait de la génomique, on a tendance à écarter rapidement les descendants les moins prometteurs. Mais cela vient altérer l’évaluation polygénique. Ne sont gardés pour le pointage que les meilleurs individus », explique la généticienne. Ces animaux, qui sont les meilleurs descendants d’un taureau, peuvent alors être sous-estimés. « C’est surtout une problématique que l’on remarquait en Holstein, ou la quasi-totalité des taureaux est génotypée ».

Quelques index repensés

Le calcul de quelques index est également repensé. « Ça n’est pas directement lié à l’apparition du Single Step, mais son intégration était l’occasion de faire quelques ajustements demandés par les OS », explique Iola.

Dans les tuyaux : l’intégration du tour de poitrine dans les données Iboval. Les OS qui le souhaitent pourront intégrer cette donnée en plus du poids de naissance et des conditions de naissance pour construire les index Ifnais et Velage.

Le renforcement de l’analyse des poids de naissance permettra également d’avoir plus de souplesse sur le relevé des poids âge type. « Il sera maintenant possible d’utiliser le poids de naissance dans les PAT, et les plages de pesées seront élargies ». Une manière de faciliter l’acquisition de données. La base est alors enrichie à chaque nouvelle pesée, et GenEval ne sélectionne que les PAT atteignant un seuil de fiabilité fixé par l’OS.

Les OS auront également plus de souplesse dans la construction des index CRsev ou ALait. À titre d’exemple, l’OS Limousin a fait le choix de construire son index CRsev en se basant à 80 % sur le PAT 120 jours, et 20 % sur le PAT 210 jours. Une manière de valoriser les vaches ayant de bonnes performances laitières.

Une mise en place courant 2025

De manière générale, le Single Step est une bonne nouvelle pour l’indexation. « Nous aurons plus de données disponibles, ce qui permettra de mettre en place plus facilement des évaluations sur de nouveaux caractères ». Une petite révolution qui ouvre la porte à l’évaluation de nouveaux caractères.

« Les laitiers sont passés au Single Step il y a deux ans. Cela nous a permis de mettre en évidence quelques points de vigilance. Il y a eu beaucoup d’allers-retours entre les différents acteurs, cela devrait permettre au système de se déployer sans surprise ».