Quel sera l’impact du Single Step sur l’indexation de mes bovins ?

Quel sera l’impact du déploiement du Single Step sur la valeur génétique de mon troupeau ? Iola Croué, généticienne chez GenEval répond aux inquiétudes des lecteurs.

En 2025, la méthode d’indexation Single Step sera déployée en races allaitantes. Une manière de prendre en compte en « une seule et même étape » l’évaluation polygénique et génomique pour le classement des bovins. Pour mieux appréhender ce nouveau mode de calcul, Iola Croué qui travaille sur la mise en place du Single Step pour GenEval, répond aux questions des lecteurs de Web-agri.

L’indexation de mes vaches va être modifiée

Vrai. Il y aura forcément des changements. Les taureaux avec beaucoup de filles bougeront peu, car ce sont des animaux pour lesquels on bénéficie déjà de beaucoup de données. Pour les moins connus, il pourra y avoir quelques ajustements. Le Single Step offre la possibilité de gagner en information via les évaluations phénotypiques et génomiques des animaux apparentés, donc on aura un reclassement plus précis, mais aussi plus fiable via la prise en compte simultanée des informations phénotypiques et génomiques.

Pendant un an et demi, les deux systèmes d’indexation seront disponibles pour les OS et ES. Ce sera l’occasion de voir l’évolution des animaux selon les méthodes d’évaluation et de préparer la transition. À titre d’exemple, lorsque la race montbéliarde est passée au Single Step il y a deux ans, 80 % des animaux présents dans le top 100 de la race y sont restés.

La monte naturelle sera désavantagée

Faux. Les animaux qui vont le plus bénéficier du Single Step sont ceux pour lesquels on a peu d’information, et c’est souvent le cas en monte naturelle. La plupart de ces individus ne bénéficient que d’une évaluation polygénique. S’ils sont apparentés à des animaux génotypés, la fiabilité de leur indexation sera améliorée. C’est justement parce qu’il y a peu d’individus génotypés que c’est intéressant de partager l’information.

Mais attention : fiabilité ne veut pas forcément dire amélioration de l’ISU. Les évolutions se feront à l’échelle individuelle. Il y aura des perdants et des gagnants.

On va créer plus de consanguinité

Faux. La méthode d’indexation ne change rien à la consanguinité. La consanguinité est avant tout un problème de raisonnement des accouplements.

Il est vrai qu’avec un système d’indexation plus précis, il y aura peut-être un peu de mouvements dans les taureaux phare. Nous avons notamment travaillé à mettre en place un facteur d’érosion pour prendre avec précaution les taureaux très bien indexés, mais sans descendants et sans performaces propres pour éviter les déceptions. Il y aura donc peut-être un petit peu moins de très bons animaux, mais l’on sera sûr qu’ils valent vraiment la note qu’on leur accorde. Pour le reste, c’est aux éleveurs de réfléchir leurs plans d’accouplement.

L’écart entre les bons et les mauvais animaux va se creuser

Faux. La méthode d’évaluation sera plus fiable donc on sera plus sûr de la valeur d’un animal. Nous n’allons pas « décaler » les individus vers les extrêmes.

Le ventre mou de la population va quant à lui rester en place : on compare des animaux les uns par rapport aux autres et il n’y a pas de raison pour qu’on considère la population meilleure ou moins bonne qu’avant.

Le système favorise les jeunes vaches

Vrai, mais ça n’est pas lié au Single Step. Si l’on comparait les vaches laitières d’aujourd’hui à celles des années 70, elles auraient des ISU à plus 300. Pour que l’évaluation ait un sens, on compare les animaux à unn groupe de référence dont la moyenne est fixée à 100. Et comme le niveau de la population de référence augmente, les bons animaux d’il y a 5 ans sortent moins du lot. C’est la matérialisation du progrès génétique, et c’est quelque chose de positif. Si une vieille vache gagnait en indexation au fil du temps, cela voudrait dire que le groupe de référence régresse !

Certains éleveurs ne jouent pas le jeu de l’indexation

Vrai, mais le logiciel est pensé pour exclure les données qui ne sont pas cohérentes et, pour chaque évaluation et chaque caractère, des critères de qualité des données sont définis. Par exemple, les données de poids de naissance des veaux d’une structure qui déclarerait tous ses veaux à un poids identique de 40kg seraient éliminées 

Mais il est certain que l’acquisition des données est un enjeu collectif, et le Single Step n’y changera rien. Des filtres pour exclure les données aberrantes sont déjà en place actuellement.

Le système d’indexation est avant tout pensé pour le lait

Faux. C’est vrai qu’en matière de génétique, la viande suit souvent les progrès réalisés dans le monde du lait, mais l’application du Single Step a été pensée aux les besoins de la filière allaitante en tête. Beaucoup d’allers-retours entre GenEval, l’UMT ebis (Inrae), Idele et les différents OS ont eu lieu pour mettre au point une méthode d’indexation qui mette tout le monde d’accord.

La refonte du Single Step permet d’ailleurs aux OS d’avoir la main sur la composition de certains index, comme CRsev, ou ALait pour coller le plus possible avec le standard de race qu’ils veulent développer.